自1999 年起，教育部與國科會就開始推動「大學追求卓越」計畫。這個計畫的預算寬裕，其目的是為了要改善以往學術界研究「輕薄短小」之弊，讓優秀的研究人才能在較無經費壓力的環境下，多做些深入的大題目。該計畫雖然立意良善，但由於推出倉促，不少研究者根本也沒有「沈澱深思」的緩衝，就匆匆忙忙趕寫計畫書。其結果是：拿到計畫的大都是重量級學者，但卓越計畫的優渥預算究竟創造出多少卓越的研究成果，答案恐怕還很難說。自2003 年起，教育部又改變了補助大學卓越的方式——由於個別研究計畫太過狹窄，大量補助單一卓越計畫易使校園內結構失衡，教育部乃改以學校為單位，用整筆預算（block funding）的方式撥補至學校， 但不太細問校內的資源分配。這樣的撥補方式延續到2005 年的「五年五百億」計畫。雖說改以學校為補助單位，但申請計畫書還是要寫出各校的重點研究領域，而評審者多少還是要看計畫主持人的成果「勳章」等資料撰寫評鑑意見。六年來，我大概參與了每一次的審查委員會；六年間台灣知名大學的研究水準究竟有多少進步，坦白說還真不容易看出來。
教育部除了追求卓越計畫外，最近也提出「獎勵教學卓越」計畫，而大學中亦偶有「追求卓越是否傷及教學」的探討。對此，我有不太一樣的看法，略述如下：
一、就本質而言，研究與教絕對是相輔相成的。研究不到一定境界，教學根本不可能做到從基本處融會、批判、銜接，也就不可能啟發學生們對知識的喜悅。美國知名大學核心課程往往由大師級的教師授課，原因正在於此。
二、就實際而言，整天拼命趕寫教育部計畫書，絕對不利於研究卓越，也不利於教學。
三、以block funding 的方式補助各校，比用以往接計畫補助的方式要好， 但前提是：處置學校block fund 的校長要夠好。如果校長是由校內教師民粹選舉產生，則他（她）必須處處看「選民」臉色，根本不可能依教育的理念去處分統籌經費。坦白說，民粹產生的校長，有教育理念的恐怕也不多。
四、由於研究與教學是一個整體，我不認為教育部該以頂尖補助、教學補助的二分方式， 切割其經費運用。既然要block funding， 就不該在補助形式上先做二分。
五、教育與研究都是百年大計，都不可能在三、五年之內發生突變。因此，若要問我意見， 我根本就反對教育預算以「五年五百億」這種「特殊的」、「目的性」的方式編列。事實上，「十年一所世界一流大學」這種奇怪預算目的，也不符合預算法83 條的規範。
總之，我認為研究卓越與通識教育之間並無衝突，而大學校長是推動兩者最重要的關鍵。校長好，則即便是以研究卓越名義所撥補的block funding，也絕對會對通識教育發揮正面的影響。校長不好，有沒有卓越計畫其實差異有限，頂多是「一百步笑五十步」而已矣。
原刊載於2006通識在線v2,p9-10.
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